Ubicado en una casona de estilo neoclásico construida en 1904 con la herencia del padre Miguel Pérez Rubio, Capellán del Santuario del Señor de la Misericordia, ahora nos muestra una importante colección del patrimonio cultural de Tepatitlán. Las salas se dividen de la siguiente manera: sala introductoria, de arqueología, del siglo XIX, de arte sacro, cristera, de agricultura, de comunicaciones, de paleontología y un museo virtual.
